Dans la région parachordale, le mésoderme para-axial non segmenté forme la plaque basale (cartilage parachordal) qui renferme la partie rostrale de la notochorde. Les sclérotomes occipitaux se trouvant juste en dessous perdent leur segmentation et fusionnent entre eux et avec la plaque basale. La partie basilaire de l'os occipital (basi-occipital, S18, S19) se forme à partir de la plaque basale et des segments rudimentaires des sclérotomes occipitaux séparés par les fascicules du nerf hypoglosse. La chondrification englobe plus tard, comme exo-occipital, la moelle épinière et la medulla oblongata, et livre le foramen magnum. La partie dorsale de cette structure entourant la medulla est appelée tectum occipitale (supra-occipitale).
La région préchordale comprend les régions hypophysaire et interorbito-nasale. Autour de l'hypophyse se forment les cartilages hypophysaires pairs, et rostralement à l'hypophyse le cartilage trabéculaire pair. Ces quatre centres de chondrification s'unissent et forment le corps des os sphénoïde et ethmoïde. Ils prennent aussi contact avec la partie basilaire de l'os occipital. C'est ainsi que se forme une plaque cartilagineuse basale allongée qui s'étend de la région nasale au foramen magnum.