Durch die Trennung des Blutstroms in den Aorten- und Pulmonalisstrom sind auch die beiden Ventrikel funktionell getrennt. Die sich ausweitenden Wände der Ventrikel legen sich aneinander und bilden das Septum interventriculare (Pars muscularis), das somit zunächst passiv entsteht, später aber auch aktiv wächst. Es ist hufeisenförmig, nach oben konkav angelegt. Sein hinterer Schenkel reicht bis zum dorsalen Endokardkissen des AV- Kanals, sein vorderer Schenkel endet in der Nähe des ventralen Endokardkissens. Zunächst verbleibt eine Öffnung zwischen linkem und rechtem Ventrikel, das Foramen interventriculare (sekundäres Foramen interventriculare). Dieses Foramen wird durch Proliferation der Leisten im Conotruncus und des dorsalen Endokardkissens verschlossen (Pars membranacea des Septum interventriculare). Der Übergang vom linken Ventrikel in den aortalen Teil des septierten Conus cordis (primäres Foramen interventriculare) bleibt jedoch offen und wird zum Vestibulum aortae.